本詩最重要的主題：「上帝本為聖（God is holy）」，作者一連三次重述這個信息（詩九十九3，5，9）。「聖潔」乃是上帝崇高的屬性，是神聖不可侵犯的，祂無法容忍任何罪的存在。在祂寶座前侍立的撒拉弗與四活物，晝夜不住地呼喊：「聖哉！聖哉！聖哉！萬軍之耶和華，祂的榮光充滿全地。」（賽六3；啟四8）這宣告永存於天地之間，作者將上帝的威嚴、可畏，描述得深刻透徹：（一）耶和華作王，萬民當戰抖、地當搖動（詩九十九1）。（二）耶和華超乎萬民之上（詩九十九2）。（三）當稱讚祂大而可畏的名，祂本為聖（詩九十九3）。（四）祂有能力，施行公平和公義（詩九十九4）。（五）當尊崇上帝，在祂腳前下拜（詩九十九5）。聖徒唯有充分認識、敬畏上帝的聖潔，才能完全享受上帝的慈愛和恩典。

        雖然上帝大而可畏，但因著祂的慈愛，祂興起祂的僕人，成為中保和代求者。詩人提到摩西、亞倫和撒母耳三位忠心的僕人，藉著他們的代求，上帝便應允並赦罪，接納所獻的祭（詩九十九6~8）。不但如此，上帝定意完成救贖大功，因為祂知道人無法靠自己除罪，故此，祂差遣祂的獨生愛子耶穌基督來到人間——即上帝親自道成肉身，住在我們中間。耶穌成為贖罪祭，成為我們的中保，使我們能因信稱義，回到聖潔上帝的面前，重新被接納。這愛是何等常闊高深，人無法測度。作者受感所發之言，他預見如此的恩典，於是他呼喊說：「你們要尊崇耶和華我們的上帝，在祂的聖山下拜，因為耶和華我們的上帝本為聖。」（詩九十九9）親愛的，來到聖潔之主面前，向祂敬拜讚美吧。

1.我們的主是何等聖潔、大而可畏，祂的名配受我們最深的尊崇和敬拜。親愛的，當敬畏主、愛祂、跟隨祂、事奉祂、敬拜祂。祂盼望我們能與祂相交，喜悅垂聽我們的禱告。將一切榮耀、讚美歸給祂。
2.本詩「七次」提到耶和華，作者有意使用這個象徵完全的數字，以顯示上帝的完全聖潔、公平、公義，也盼望人的稱讚、尊崇、敬拜、事奉是真心、是完全的。

1.我的主、我的上帝啊！祢是神聖的施行奇事者。祢是榮耀的、祢是偉大的、祢是至高者。祢是全能的；我們惟一的聖父，天地的君王。————法蘭西斯
2.禱告時心中仍不得安息，試著讚美上帝，平靜安穩的力量將會從你心底昇起。──JE

1.他們當稱讚祂大而可畏的名，祂本為聖。（詩九十九3）
2.你們當尊崇耶和華我們的上帝，在祂腳凳前下拜，祂本為聖。（詩九十九5）
3.你們要尊崇耶和華我們的上帝，在祂的聖山下拜，因為耶和華我們的上帝本為聖。（詩九十九9）

        親愛的主阿，我經過的一切苦難中，深知祢也同受苦難。祢以慈愛和憐憫救贖我，為我捨命，成為我的中保，使我能因信稱義，回到聖潔上帝的面前，重新被接納。這愛何等常闊高深，人無法測度。願獻上自己為主所用。奉主耶穌基督聖名，阿們！